TF2Network : predicting transcription factor regulators and gene regulatory networks in Arabidopsis using publicly available binding site information

A gene regulatory network (GRN) is a collection of regulatory interactions between transcription factors (TFs) and their target genes. GRNs control different biological processes and have been instrumental to understand the organization and complexity of gene regulation. Although various experimental methods have been used to map GRNs in Arabidop-sis thaliana, their limited throughput combined with the large number of TFs makes that for many genes our knowledge about regulating TFs is incomplete. We introduce TF2Network, a tool that exploits the vast amount of TF binding site information and enables the delineation of GRNs by detecting potential regulators for a set of co-expressed or functionally related genes. Validation using two experimental benchmarks reveals that TF2Network predicts the correct regulator in 75-92% of the test sets. Furthermore, our tool is robust to noise in the input gene sets, has a low false discovery rate, and shows a better performance to recover correct regulators compared to other plant tools. TF2Network is accessible through a web interface where GRNs are interactively visualized and annotated with various types of experimental functional information. TF2Network was used to perform systematic functional and regulatory gene annotations, identifying new TFs involved in circadian rhythm and stress response

Functional analysis of the Arabidopsis TETRASPANIN gene family in plant growth and development

TETRASPANIN (TET) genes encode conserved integral membrane proteins that are known in animals to function in cellular communication during gamete fusion, immunity reaction and pathogen recognition. In plants, functional information is limited to one of the 17 members of the Arabidopsis TET gene family and to expression data in reproductive stages. Here, the promoter activity of all 17 Arabidopsis TET genes was investigated by pAtTET::NLS-GFP/GUS reporter lines throughout the life cycle, which predicted functional divergence in the paralogous genes per clade. However, partial overlap was observed for many TET genes across the clades, correlating with few phenotypes in single mutants and therefore requiring double mutant combinations for functional investigation. Mutational analysis showed a role for TET13 in primary root growth and lateral root development, and redundant roles for TET5 and TET6 in leaf and root growth through negative regulation of cell proliferation. Strikingly, a number of TET genes were expressed in embryonic and seedling progenitor cells and remained expressed until the differentiation state in the mature plant, suggesting a dynamic function over developmental stages. cis-regulatory elements together with transcription factor binding data provided molecular insight into the site, conditions and perturbations that affect TET gene expression, and positioned the TET genes in different molecular pathways; the data represent a hypothesis-generating resource for further functional analyses

De transitie van het initieel beroepsonderwijs naar de arbeidsmarkt met speciale aandacht voor de ongekwalificeerde onderwijsverlaters

Hoger instituut voor de Arbeid (HIVA) Afdeling Didactiek. Centrum voor Onderwijseffectiviteit en -evaluatie. Leuvens Instituut voor onderwijsonderzoek (LIVO)status: publishe

The relation between patient discomfort and uncompensated forces of a patient support device for breast and regional lymph node radiotherapy

Although many authors stated that a user-centred design approach in medical device development has added values, the most common research approach within healthcare is evidence-based medicine, which tend to focus on functional data rather than patient wellbeing and comfort. End user comfort is well addressed in literature for commercial products such as seats and hand tools but no data was found for medical devices. A commercial patient support device for breast radiotherapy was analysed and a relation was found between discomfort and uncompensated internal body forces. Derived from CT-images, simplified patient free-body diagrams were analysed and pain and comfort evaluated. Subsequently, a new patient position was established and prototypes were developed. Patient comfort- and prototype optimization was done through iterative prototyping. With this approach, we were able to compensate all internal body forces and establish a force neutral patient free-body diagram. This resulted in comfortable patient positioning and favourable medical results

A collection of conserved noncoding sequences to study gene regulation in flowering plants

Transcription factors (TFs) regulate gene expression by binding cis-regulatory elements, of which the identification remains an ongoing challenge owing to the prevalence of large numbers of nonfunctional TF binding sites. Powerful comparative genomics methods, such as phylogenetic footprinting, can be used for the detection of conserved noncoding sequences (CNSs), which are functionally constrained and can greatly help in reducing the number of false-positive elements. In this study, we applied a phylogenetic footprinting approach for the identification of CNSs in 10 dicot plants, yielding 1,032,291 CNSs associated with 243,187 genes. To annotate CNSs with TF binding sites, we made use of binding site information for 642 TFs originating from 35 TF families in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana). In three species, the identified CNSs were evaluated using TF chromatin immunoprecipitation sequencing data, resulting in significant overlap for the majority of data sets. To identify ultraconserved CNSs, we included genomes of additional plant families and identified 715 binding sites for 501 genes conserved in dicots, monocots, mosses, and green algae. Additionally, we found that genes that are part of conserved mini-regulons have a higher coherence in their expression profile than other divergent gene pairs. All identified CNSs were integrated in the PLAZA 3.0 Dicots comparative genomics platform (http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/versions/plaza_v3_dicots/) together with new functionalities facilitating the exploration of conserved cis-regulatory elements and their associated genes. The availability of this data set in a user-friendly platform enables the exploration of functional noncoding DNA to study gene regulation in a variety of plant species, including crops

Helder preken over de hel : een praktisch-theologisch onderzoek naar de wijze waarop de hel ter sprake komt in de Christelijke Gereformeerde Kerken en welke homiletische kaders de Schrift hierbij wijst

Deze scriptie bevat een praktisch-theologisch onderzoek naar de wijze waarop de hel ter sprake komt in de Christelijke Gereformeerde Kerken en welke homiletische kaders de Schrift hierbij wijst. Dit is onderzocht met het onderzoeksmodel van de praktisch theoloog Osmer. Zijn onderzoeksmethode heeft vier taken. Het uitvoeren van de eerste taak maakt duidelijk dat er meer over de hemel en de wederkomst dan over het laatste oordeel en de hel wordt gepreekt in de Christelijke Gereformeerde Kerken. Het spreken over het laatste oordeel en de hel is meestal heel kort, niet beeldend en staat altijd in relatie tot Gods grote daden, de oproep tot geloof en bekering. Het uitvoeren van de tweede taak maakt duidelijk dat wanneer predikanten over het laatste oordeel en de hel spreken, ze dit op een klassieke wijze doen. Van de predikanten denkt 85% dat zijn hoorders naar de hel kunnen gaan. Dit betekent echter niet dat ze er veelvuldig over spreken. Een groot deel (45%) spreekt zelfs niet of nauwelijks over de hel. Op grond van de onderzochte theorie zou men verwachten dat – naast de appellerende en waarschuwende functie – de motiverende functie vaker zou voorkomen dan de resultaten van de preekanalyse uitwijzen. Daarnaast blijkt dat het denken over de hel nauw verbonden is aan het godsbeeld dat men heeft. Het uitvoeren de derde taak levert een aantal homiletische kaders op voor het spreken over het laatste oordeel en de hel. Zo blijkt uit Hebreeën dat het spreken over het laatste oordeel en de hel in het kader van de (reeds) verkondigde zaligheid moet staan. Wanneer men dit doet mag men de hoorders vanuit herderlijke bewogenheid confronteren met het laatste oordeel en de hel. Dit mag een appellerende, waarschuwende en motiverende functie hebben. Daarnaast mogen predikanten hun spreken over het laatste oordeel en de hel uitwerken tot een betoog met voorbeelden, citaten en retorische middelen. In dat betoog mag men wel beeldend, maar niet gedetailleerd spreken over het laatste oordeel en de hel. Tot slot roept Hebreeën op om de door mensen ervaren spanning tussen Gods eigenschappen niet glad te strijken. Het uitvoeren van Osmers vierde taak levert een aantal aanbevelingen op voor het spreken over het laatste oordeel en de hel. Ten eerste worden predikanten opgeroepen om klassiek te blijven spreken over het laatste oordeel en de hel en hier ook frequenter over te spreken. Daarnaast krijgen predikanten de aanbeveling om doelgerichter te spreken over het laatste oordeel en de hel. Daarom wordt aanbevolen om niet ‘verkondigend’ (louter informatief) te spreken over de hel, maar waarschuwend, appellerend en motiverend. Tevens klinkt de oproep om meer voorbeelden en citaten uit de Schrift te gebruiken en beeldender (maar niet gedetailleerder) over het laatste oordeel en de hel te spreken. Tot slot worden predikanten opgeroepen om het spreken over de Redder en de Rechter dichter bij elkaar houden. Wanneer ze dat doen, kunnen ze ook – zoals aanbevolen – vaker over het laatste oordeel en de hel spreke